O filme Godzilla Minus One começa com uma cena dramática em um aeródromo japonês durante a Segunda Guerra Mundial. Lá, conhecemos o protagonista, Koichi Murakami (Takeru Satoh), um piloto que falhou em sua missão suicida de atacar um navio americano.
Ele é desprezado e humilhado por seus colegas, que o consideram um covarde e um traidor. Mas sua vida muda radicalmente quando um monstro pré-histórico, chamado Godzilla, surge do mar e ataca o aeródromo com sua respiração atômica. Koichi consegue escapar por pouco da destruição, mas perde todos os seus amigos e superiores.
Sem ter para onde ir, Koichi retorna à sua vila natal, que foi devastada pelos bombardeios aliados. Lá, ele descobre que seus pais morreram enquanto ele estava ausente, e que sua casa é a única que restou de pé. Ele decide ficar na casa e acolher duas órfãs que encontra na rua: Noriko Oishi (Minami Hamabe), uma jovem enfermeira que trabalhava no hospital local, e Akiko, uma menina de cinco anos que perdeu toda a sua família. Juntos, eles tentam reconstruir suas vidas e superar o trauma da guerra.
O tempo passa, e Koichi e Noriko se apaixonam e se casam. Eles criam Akiko como sua filha e formam uma família feliz. Mas a paz é interrompida quando Godzilla reaparece, desta vez muito maior e mais poderoso do que antes. O monstro é atraído pelas explosões nucleares realizadas pelos Estados Unidos nas Ilhas Marshall, e começa a caminhar em direção ao Japão. Em seu caminho, ele destrói várias cidades, incluindo Ginza, onde Noriko estava trabalhando como voluntária em um abrigo para refugiados. Koichi recebe a notícia da morte de sua esposa e fica arrasado.
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Enquanto isso, o governo japonês está em pânico. Eles não têm meios de deter Godzilla, pois o país está sob ocupação americana e não pode ter forças armadas próprias. Eles pedem ajuda aos Estados Unidos, mas eles se recusam a intervir, alegando que Godzilla é um problema japonês. Desesperados, eles recorrem aos veteranos da Segunda Guerra Mundial, que ainda possuem algumas armas e veículos antigos. Eles convocam Koichi, que é considerado um herói por ter sobrevivido ao ataque de Godzilla no passado, e lhe oferecem uma chance de redenção. Eles querem que ele lidere uma equipe de ex-pilotos kamikaze em uma última missão suicida contra Godzilla, antes que ele chegue a Tóquio e destrua tudo.
Godzilla Minus One é um filme que reinicia a franquia Godzilla, contando sua origem de uma forma mais realista e sombria. O filme não é apenas um espetáculo de ação e terror, mas também uma história emocionante sobre a jornada de um homem que enfrenta a perda, a culpa e o destino. O filme explora os temas da guerra, do sacrifício e da esperança, mostrando como o Japão se reconstruiu após a devastação causada por Godzilla e pela bomba atômica. O filme também presta homenagem aos clássicos do gênero kaiju, usando efeitos práticos e modelos em escala para criar Godzilla e suas cenas de destruição.